1988年3月，成立清远市教育委员会，内设办公室、普通教育科、成人教育科、计财基建科、勤工俭学办公室；下设清远市高等中等学校招生委员会办公室、清远市教育委员会教学研究室、清远市教育委员会电教仪器站三个事业机构。还同时成立中国教育工会清远市委员会。1996年市级机关机构改革，市教委改称清远市教育局，内设办公室（与系统党委办合署）、人事科、计划财务基建科、审计科、普通教育科、体育卫生科、督导室、教育工会、监察室（与纪委合署）。1997年，市教委成人教育科更名为清远市教育局成人教育办公室。2002年市级机关进行机构改革，市教育局内设职能科室由9个调整为6个，分别是：办公室、人事科（加挂中国教育工会清远市委员会牌子）、基建财务科、教育科、督导室、纪检监察科。属下事业单位市高等中等学校招生委员会办公室更名为清远市考试中心，市教育局教学研究室更名为清远市教育教学研究室，清远市教育局成人教育办公室保留并更名为清远市成人教育办公室，设立清远市教育信息中心，撤销市教育局教学仪器站和市教育局勤工俭学办公室。2010年市级机关再次进行机构改革，市教育局内设职能科室由6个各调整为7个，分别是：办公室、教育科、体育卫生与艺术教育科、高中与中职教育科、教育督导室（市人民政府教育督导室）、基建财务科、人事科。属下事业单位2个：清远市招生考试委员会办公室、清远市教育教学研究院(加挂清远市教育局教育装备办公室牌子)。2015年，市教育局内设科室由7个调整为8个，分别是办公室、教育科、体育卫生与艺术教育科、高中与中职教育科、教育督导室（市人民政府教育督导室，加挂“行政执法科”牌子）、基建财务科、人事科、德育安全科。属下事业单位2个：清远市招生考试委员会办公室、清远市教育教学研究院(加挂清远市教育局教育装备办公室牌子)。其主要职责：1.贯彻执行中央和省有关教育工作的方针政策和法律法规规章，拟订有关规范性文件并组织实施。2.组织拟订教育事业的发展规划和年度计划，提出教育体制改革的政策并组织实施，负责教育事业相关数据的统计、分析和发布工作。3.负责市直学校及指导各县（市、区）教师队伍建设工作，指导实施各级各类教师资格制度，规划、指导各类学校教师和教育行政干部队伍建设工作，指导教育系统人事制度改革等工作。4.负责市级教育经费的统筹管理，会同有关部门拟订筹措教育经费、教育拨款、教育基建投资、教育收费的政策规定，监督、统计各县（市、区）及市直学校教育财政拨款的投入、执行和使用情况，指导学校基本建设和财务管理工作。5.综合管理全市义务教育、普通高中教育、中等职业技术教育、学前教育、特殊教育和民族教育，指导和管理各类学校办学体制、内部管理体制、后勤社会化改革以及电化教育、远程教育和学生学籍管理工作，指导全市成人文化教育、社区教育、职工教育和农民文化技术教育工作。6.牵头负责监督、检查各地贯彻执行教育法律法规规章和方针政策的情况，负责督政、督学工作，依法组织教育执法，督导、检查各地履行教育职责和巩固提高“两基”工作，督导评估中等和中等以下学校的办学水平和教育质量。7.负责教育系统教育科研的规划工作，指导学校开展教育教学研究和改革，规划、指导教育信息化工程，指导各类学校教育技术装备、实验室和图书馆建设工作，组织审定教辅用书及资料，协调有关部门做好教育系统政府采购监管工作。8.统筹规划、综合协调和管理各级各类民办教育，规范民办教育办学秩序，促进民办教育事业健康发展。9.会同有关部门管理本系统对外（含港、澳、台地区）的教育交流与合作工作。10.指导各类学校的思想政治工作、德育教育、体育卫生与艺术教育、国防教育和宣传工作，指导学校的安全、稳定和保卫工作。11.规划、指导学校的推广普通话和文字规范工作，负责市语言文字工作委员会的日常管理工作。12.管理直属事业单位，协调有关部门做好直属学校的党建、统战、社团管理等工作。13.负责及协助省有关部门开展高等、中等专业学校的招生考试（含自学考试）和普通高中学业水平考试、初中升高中阶段学校考试及高等和高中阶段学校招生工作。14.承办市委、市政府和省教育厅交办的其他事项。
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